酶标仪与相应试剂配合，适用于酶联免疫（ELISA）检测、微生物微孔板培养检测、化学或生物化学微量分析法检测等应用比色法检测的项目， 广泛应用于各级医院临床诊断、微生物学、免疫学、病理学、生物学、药物学、畜牧及农业科学等领域。
一 在检验医学上的应用；
　　酶标仪在检验医学上的应用已有几十年历史，现已经成为临床免疫学检验的主要仪器设备。
1. 血源四项：
　　卫生部临床输血技术规范要求，为确保每位受血者安全，预防和杜绝因输血后感染乙型肝炎(乙肝)、丙型肝炎(丙肝)、梅毒、艾滋病引起的医疗纠纷，要求受血者在输注血液制品前均接受传染病四项检测。
2. 病毒、病菌感染疾病： 
　　（1）人类免疫缺陷病毒抗体（HIVⅠ/Ⅱ型）检测；
　　（2）乙肝病毒HBV(两对半)检测；
　　（3）甲、丙、丁、戊、庚肝等病毒感染检测；
　　（4）梅毒螺旋体(TP)抗体；
　　（5）乙型脑炎病毒抗体检测；
　　（6）肺炎衣原体抗体；
　　（7）肺炎支原体抗体；
　　（8）麻疹病毒抗体；
　　（9）EB病毒；
　　（10）结核杆菌抗体等检测。
3. TORCH检测（优生优育产前检查）：
　　主要项目有：风疹（RV)感染；巨细胞（CMV)感染；单纯疱疹（HSV I、II型）感染和弓形体感染。TORCH综合症患者造成孕妇流产、死胎，出生后有严重的智力障碍，生活不能自理，给家庭及社会造成极大的精神及经济负担。我国每年约有26000个TORCH患儿出生，平均每小时就有3人，对优生优育与人口素质构成极大的威胁，因此它的感染诊治工作引起普遍关注。
4. 唐氏儿（先天愚型）风险筛查：
　　用酶标仪进行以下项目检测，再利用唐氏儿风险分析软件，可以在产前对产生唐氏儿的风险做出判定，常检测以下几项：    
　　（1）甲胎蛋白测定（AFP）；
　　（2）游离β绒毛膜促性腺激素（Free β-hCG）测定；
　　（3）妊娠相关血浆蛋白（PAPP-A）；
　　（4）游离雌三醇
5. 甲状腺(五项)检验：
　　（1）三碘甲腺原氨酸T3含量测定；
　　（2）甲状腺素T4含量测定；
　　（3）促甲状腺素TSH定量测定；
　　（4）抗甲状腺球蛋白抗体TG-Ab检测；
　　（5）抗甲状腺微粒体抗体TM-Ab检；
6. 性激素（六项）检验；
　　（1）雌二醇EST（E2）;
　　（2）睾酮TES；
　　（3）孕酮Pr；
　　（4）卵泡刺激素FSH；
　　（5）催乳素PRL；
　　（6）黄体生成素LH；
7. 肿瘤标志物检测：
　　（1）甲胎蛋白AFP测定；
　　（2）癌胚抗原CEA测定；
　　（3）乳腺癌抗原CA15-3；
        （4）胰腺癌抗原CA242；
　　（5）胃肠癌抗原CA19-9；
　　（6）卵巢癌；
　　（7）抗原CA125；
　　（8）前列腺特异抗原测定PSA；
　　（9）β2微球蛋白测定β2-MG；
　　（10）人绒毛膜促性腺激素-β测定β-HCG。
另外还有：糖尿病检测；过敏原检测；自身免疫病检测；心梗诊断；肝纤维化检测；人类细胞因子检测；血液学检验等，此处不再一一列出。
二. 酶标仪在食品安全检测中的应用
　　近年来，食品安全形势越来越严峻，世界各国都很重视食品安全问题，先后制定了严格的监管措施，加强了监测力度。结合我国目前的实际，酶标仪的应用初步归纳了以下几个方面：
1.  农药残留检测（酶抑制率法）：可用于甲胺磷等有机磷和克百威等氨基甲酸醋类农药在蔬菜中的残毒快速检测。
　　适用于叶菜类(除韭菜)、果菜类、豆菜类、瓜菜类、根菜类(除胡萝卜、菱白等)中的农药残毒快速检测，属于过筛检测 （NY/T448-2001）。确认检测仍为色谱法。     ELISA法农药残留试剂，国外已有商品试剂和出售，国内还少见（检测成本较高，每个检测约80-100元） 。
2.  三聚氰胺检测（ELISA）：
　　三聚氰胺作为化工原料，不是食品添加剂，禁止人为添加到食品中。三聚氰胺检测试剂盒是利用酶联免疫吸附测定法（竞争法）进行测定的，可用于食品及饲料中三聚氰胺的定量测定。
3.  激素及代谢产物检测（兽药残留）
　　3.1 克伦特罗(Clenbuterol)，俗称瘦肉精，是一种β—兴奋剂。因其能改善脂肪型动物的肉与脂肪的比例，并能加速动物生长，而被广泛添加于动物饲料中，克伦特罗可以残留在动物的体内。然而这种药物对人有严重的副作用，轻则导致心跳及心律不正常，重则可引发心脏病。
        3.2 莱克多巴胺（Ractopamine）属于β-兴奋剂，β-兴奋剂是营养重分配剂一种，是一类结构和功能类似肾上腺素和去甲肾上腺素的苯乙醇胺类衍生物，它可以加快畜禽生长速度，降低酮体脂肪含量，提高瘦肉率。
         3.3  己烯雌酚是甾类同化激素，被大量用于促进反刍动物的生长。但由于己烯雌酚存在明显的致癌性，欧美等发达国家已相继禁止或严格禁止使用。
         3.4  诺龙“19-去甲睾酮”(19-Nortestosterone)是雄性激素睾酮的衍生物，为一种蛋白质同化类激素.有促进蛋白质合成，减少蛋白质分解，刺激骨髓造血，加速骨生长等作用。有引起性功能紊乱，肝肾功能损害，甚至于诱发肿瘤等潜在危害。
4. 抗生素检测（兽药残留）
         4.1  氯霉素：为广谱抗菌素，因有严重的毒副作用，氯霉素一般不用于轻度感染。主要用于伤寒、副伤寒和其他沙门氏菌属感染。氯霉素由于有严重的致再生障碍性贫血的不良反应（Varma,et al,1986）及少数可引起黄疸，原有肝脏疾病者甚至可引起急性肝坏死。许多国家已禁止氯霉素在动物疾病防治上的使用，尤其是食品动物。
        4.2  链霉素:是一种从灰链霉菌的培养液中提取的抗菌素。属于氨基糖甙碱性化合物，它与结核杆菌菌体核糖核酸蛋白体蛋白质结合，起到了干扰结核杆菌蛋白质合成的作用，从而杀灭或者抑制结核杆菌生长的作用。
        4.3  青霉素:是抗菌素的一种，是指从青霉菌培养液中提制的分子中含有青霉烷、能破坏细菌的细胞壁并在细菌细胞的繁殖期起杀菌作用的一类抗生素，是第一种能够治疗人类疾病的抗生素。 还有：四环素、庆大霉素、氟苯尼考 等。
        4.4 磺胺类（三合一，五合一）：适用于治疗溶血性链球菌、脑膜炎球菌、肺炎球菌等感染疾病，药效持久。用作饲料添加剂，用于防治葡萄球菌及溶血性链球菌等的感染，即主要治疗禽霍乱、禽伤寒，鸡球虫病等。
        4.5 硝基呋喃类（Nitrofurans）药物是一种广谱抗生素，因价格较低且效果好，而广泛用于畜禽及水产养殖业，但由于硝基呋喃类药物及其代谢物对人体有致癌、致畸胎副作用,1995年起欧盟禁止硝基呋喃类药物在畜禽及水产动物食品中使用，并严格执行对水产中硝基呋喃的残留检测。
        4.6 孔雀石绿是一种带有金属光泽的绿色结晶体，其既是杀真菌剂，又是染料。长期以来，渔民都用它来预防鱼的水霉病、鳃霉病、小瓜虫病等，而且为了使鳞受损的鱼延长生命，在运输过程中和存放池内，也常使用孔雀石绿。研究显示，孔雀石绿在鱼内残留时间太长，且其具有高毒性、高残留和致癌、致畸、致突变等副作用。
         4.7 苏丹红色素：是一种常用的化学制剂。由于这种被当成食用色素的染色剂，只会缓慢影响食用者的健康，并不会快速致病，因此隐蔽性很强。但长期食用含“苏丹红”食品的消费者，对其身体造成的最突出危害可能会使肝部ＤＮＡ结构变化，导致肝部病症。
         4.8恩诺沙星是喹诺酮类抗菌药，因其抗菌谱广、高效、低毒、组织穿透力强，已成为兽医临诊和水产养殖中最重要的抗感染药物之一，被大量用于治疗、预防和促进生长。但由于其耐药性和潜在的致癌性，欧盟、日本及我国均制定了在组织中的最高残留限量为100ppb。
5.  霉菌毒素检测主要有：
        （1）黄曲霉毒素 B1；
　　（2）黄曲霉毒素 M1；
　　（3）黄曲霉毒素总量 （ B1、B2、G1、G2、M1、M2）；
　　（4）伏马菌毒素；
　　（5）赭曲霉毒素 A；
　　（6）玉米赤霉烯酮；
　　（7）脱氧雪腐镰刀菌烯醇；
　　（8）T-2毒素等。
三. 动物疾病检测
猪弓形体IgG抗体检测：
　　（1）猪口蹄疫ELISA诊断试剂盒用于检测O型口蹄疫病毒抗体。
　　（2）猪蓝耳病ELISA诊断试剂盒用于检测猪蓝耳病病毒抗体。
　　（3）猪伪狂犬病ELISA抗体检测诊断试剂盒用于伪狂犬病毒抗体。
　　（4）猪瘟ELISA诊断试剂盒用于检测猪瘟抗体。
　　（5）猪细小病毒ELISA诊断试剂盒用于检测细小病毒抗体。
　　（6）马传染性贫血ELISA Kit检测抗体；牛病毒性腹泻抗体ELISA Kit检测抗体；
　　（7）牛病毒性腹泻抗原ELISA Kit检测抗体；牛传染性鼻气管炎ELISA 检测抗体；
        （8）牛副结核ELISA Kit检测抗体；牛口蹄疫非结构蛋白抗体ELISA Kit检测抗体
　　（9）犬传染性肝炎ELISA Kit检测抗体；犬瘟热ELISA Kit检测抗体；
　　（10）犬细小病毒ELISA Kit检测抗体；猪布鲁氏杆菌病ELISA Kit检测抗体；
　　（11）猪传染性胃肠炎ELISA Kit检测抗体；猪喘气病ELISA Kit检测抗体；
四. 禽病类检测：
　　（1）禽流感H5N1抗体ELISA诊断试剂盒用于检测鸡血清中的禽流感病毒抗体。评估鸡场禽流感疫苗免疫状况。又如：
　　（2）新城疫ELISA试剂盒（NDV-Ab) 检测抗体 ；
　　（3）传染性法氏囊ELISA试剂盒（IBD-Ab) 检测抗体 ；
　　（4）传染性支气管炎ELISA试剂盒 （IBV-Ab）；
　　（5）病毒性关节炎ELISA试剂盒 （REO-Ab）；
　　（6）禽鼻气管炎ELISA试剂盒 （ART-Ab）；
　　（7）减蛋综合症ELISA试剂盒 （EDS-Ab）；
　　（8）败血支原体ELISA试剂盒 （MG-Ab） 检测抗体 ；
　　（9）滑液支原体快速诊断试剂盒（MS-Ab) 检测抗体；
　　（10）火鸡支原体ELISA试剂盒 （MM-Ab）检测抗体；
　　（11）肠炎沙门氏菌ELISA试剂盒（SE-Ab)；
　　（12）鼠伤寒沙门氏菌ELISA试剂盒 （ST-Ab） 检测抗体；
　　（13）鼻气管炎鸟杆菌ELISA试剂盒（ORT-Ab） ；
　　（14）鸭肠炎沙门氏菌ELISA试剂盒（SE-Ab) 检测抗体 ；
　　（15）鸭鼠伤寒沙门氏菌ELISA试剂盒 （ST-Ab） 检测抗体 ；
　　（16）鸡传染性贫血ELISA试剂盒（CAV-Ab) 检测抗体 。